В 9784 году по летоисчислению Содружества ницшеанцы восстали против Содружества Систем, стремясь освободиться от его контроля и установить собственный порядок. Война, начавшаяся в этот момент, могла изменить судьбу всего мира. Чтобы предотвратить победу противника, на встречу ницшеанскому флоту был отправлен крейсер Звёздной Гвардии «Созвездие Андромеды» под командованием капитана Дилана Ханта.
Однако мощнейшее судно, когда-либо созданное человечеством, оказалось в ловушке ницшеанцев. Не видя шансов на спасение, капитан отдал приказ экипажу эвакуироваться. Сам корабль вместе с капитаном Хантом стал пленником временной аномалии на границе чёрной дыры в системе Гефеста. Вскоре Содружество Систем было уничтожено, но Ницшеанская Империя так и не возникла. С этого момента вселенная погрузилась в тьму и хаос, известные как «Долгая Ночь».
Прошло 303 года, прежде чем корабль «Эврика Мару» под командованием Беки Валентайн смог извлечь «Созвездие Андромеды» с орбиты чёрной дыры. Для жителей вселенной время шло, а для капитана Ханта прошло лишь мгновение. Объединившись с экипажем «Эврики Мару», капитан Хант взялся за восстановление Содружества Систем, осознавая, что этот путь будет долгим и трудным.